一、行政決策

魏晉南北朝時期的行政決策呈現出兩種截然不同的程序。

1.權臣擅政的偏離中央集權原則的決策方式。通常表現為以下兩種情況:

(1)魏晉南北朝時期是一個政權更迭頻繁的時期，權臣迭出。

(2)魏晉南北朝時期，特別是東晉時期，門閥士族勢力膨脹，成為行政決策上對皇權的一種制約。

2.強化君主專制中央集權的決策方式。

(1)對于重大的事務，依據秦漢以來的傳統決策形式采用集議的方式，由皇帝召集群臣集議，最后由皇帝作出裁決。

(2)對于一般性政務，則多通過日益成熟的三省制度來加以解決。

二、行政執行

魏晉南北朝時期，行政執行的最高機關是尚書省。尚書省在行政執行過程中也擁有較大的獨立權力，這主要表現為以下兩點:

一是尚書省享有對詔敕的解釋權，以便更好地實施決策。

二是尚書省在行政執行中的組織指揮權，凡事涉若干機構的行政決策，由尚書省會同有關機構共同解決。

三、行政監督

御史臺長官為御史中丞，其屬官依據職能分為三部分:

一是治(持)書侍御史，主管監察司法。

二是殿中侍御史，主管監督朝儀。

三是侍御史，主管糾劾官員的失職犯法，責權最重，故實行分曹理事。