一、中華民國(護國)軍務院的行政體制

為了統一西南護國討袁軍政事務，各省護國軍于1916年5月8日在廣東肇慶正式成立了中華民國軍務院。

二、中華民國(護法)軍政府的行政體制

軍政府的行政體制基本上是按照民國初年議行分立的原則建立的，實行大元帥一元制。從形式上看，軍政府改組后，實行總裁合議制，避免了個人決策的弊端。但是，由于軍政府的領導權已落入西南軍閥之手，軍政府的性質已經發生了變化，所謂“總裁合議制”不過是軍閥政客聯合分贓的一種工具。

三、中華民國(護法)政府的行政體制

中華民國政府的行政體制基本上是按總統制原則建立起來的。總統既是國家元首，也是行政首腦，總攬政務，發布命令，統率海陸軍，任免文武官員，對外代表中華民國。

四、陸海軍大元帥大本營的行政體制

陸海軍大元帥大本營以1924年1月國民黨一大為界，可分為兩個階段。

第一階段，孫中山通過總結兩次護法運動的經驗教訓，開始放棄了“法、美共和國”的舊模式，既不以維護《臨時約法》、恢復國會相號召，也不再恢復大總統名義，而是直接成立陸海軍大元帥大本營統率各軍，發號施令。

第二階段，在共產國際和共產黨的影響下，大元帥大本營的行政體制有了一些新的變化，其中最重要的是依據“黨治”原則，開始接受國民黨的指導和監督。

五、廣州國民政府的行政體制

廣州國民政府的行政體制與陸海軍大元帥大本營比較，有明顯的特點:

(1)“以黨治國”的原則更為明確。

(2)采取委員合議制。

(3)實行黨政合一的“一權制”。

六、武漢國民政府的行政體制

武漢國民政府成立后，對國民政府的行政體制作了若干變更:

(1)加強國民黨對國民政府的領導。

(2)取消主席制，實行常委集體領導體制。

(3)改變國民政府委員會開會的法定人數。

(4)擴大政府行政機構。

(5)吸收部分共產黨員參加政府工作。